การโคลนนิ่งสามารถทำได้ทั้งพืช และสัตว์ ดังนี้

       1. การโคลนพืช ได้แก่

            1.1 การตัด ปักชำ ส่วนที่ตัดเป็นชิ้นเล็กๆจากพืช เช่น กิ่ง ใบ ราก เมื่อนำไปปักชำจะสามารถเจริญเติบโตเป็นพืชใหม่ได้ และมีองค์ประกอบทางพันธุกรรมเหมือนต้นเดิมทุกประการ

            1.2 การเพาะเลี้ยงเนื้อเยื่อ โดยการใช้เซลล์ อวัยวะ เนื้อเยื่อ และโพรโทพลาสต์ของพืชมาเลี้ยงในสารอาหารและจัดให้อยู่ในสภาวะที่เหมาะสม ส่วนต่างๆเหล่านั้นจะเจริญเติบโตเป็นพืชใหม่ที่มีลักษณะตรงตามพันธุ์เดิมทุกประการ

โดยวิธีโคลนนิ่งทางวิทยาศาสตร์ในสัตว์สามารถทำได้ 2 วิธี คือ
      1. การแยกเซลล์หรือตัดแบ่งตัวอ่อนในระยะก่อนการฝังตัว (blastomere separation or embryo bisection )

            1.1 การแยกเซลล์ (blastomere separation) หลังปฏิสนธิตัวอ่อนระยะ 1 เซลล์จะมีการแบ่งตัวเป็นทวีคูณ จากหนึ่งเป็นสอง สองเป็นสี่ สี่เป็นแปด เรื่อยๆไป หากต้องการทำแฝดเราสามารถทำโดยการแยกเซลล์เดี่ยวๆ ออกมา เช่น หากเป็น 2 เซลล์ ก็นำมาแยกเป็น 1:1 หรือหากเป็น 4 ก็แยกเป็น 4 ส่วน 1:1:1:1 เป็นต้น   อย่างไรก็ตามพบว่าการเจริญเป็นตัวอ่อนปกติหรือตัวเต็มวัยตัวอ่อนหลังแบ่ง ต้อง ประกอบด้วยเซลล์จำนวนหนึ่งที่เพียงพอ หากแบ่งแล้วไม่พอเพียงก็ไม่สามารถเจริญเป็นตัวอ่อนที่ปกติหรือตัวเต็มวัยได้ จึงเป็น ข้อจำกัดที่สำคัญอย่างหนึ่ง

            1.2 การตัดแบ่งตัวอ่อน ( embryo bisection ) ตัวอ่อน ระยะมอรูล่า หรือ ระยะบลาสโตซีสสามารถแบ่งเป็น 2 ส่วนเท่าๆ กัน โดยใช้ใบมีดขนาดเล็ก (microblade) ติดกับเครื่องมือพิเศษที่เรียกว่า “micromanipulator” ข้อแตกต่างของการตัดแบ่งระยะ มอรูล่าและระยะบลาสโตซีส คือ แนวการแบ่ง หากเป็นตัวอ่อนระยะมอรูล่าสามารถแบ่งในแนวใดก็ได้ให้สมดุลย์ (symmetry) แต่หาก เป็นตัวอ่อนระยะบลาสโตซีสต้องตัดแบ่งในแนวที่ผ่านเซลล์ภายในที่เรียกว่า อินเนอร์เซลล์แมส (inner cell mass, ICM) ทั้งนี้เพราะ ตัวอ่อนระยะนี้เซลล์ได้มีการเปลี่ยนแปลงไปแล้ว (differentiation)
แม้ว่าการโคลนสัตว์แบบการแยกเซลล์หรือการตัดแบ่งตัวอ่อน นี้มีข้อดีคือสามารถทำได้เร็ว ไม่ต้องมีขั้นตอนมากมาย แต่ก็มีข้อจำกัดคือไม่สามารถแบ่งตัวอ่อนได้มากตามจำนวนเซลล์

     2. การย้ายฝากนิวเคลียส (nuclear transfer or nuclear transplantation) การย้ายฝากนิวเคลียสเป็นวิธีการที่ค่อนข้างจะซับซ้อน โดยมีรายละเอียดขั้นตอนโดยย่อคือ

          ก. เตรียมโอโอไซต์ตัวรับ (oocyte recipient preparation)

          ข. เตรียมนิวเคลียสจากตัวอ่อน ต้นแบบ (nuclear donor preparation)

          ค. ดูดเอานิวเคลียสตัวอ่อนให้ใส่ไปยัง ไซโตพลาสซึ่มของโอโอไซต์ (nuclear transfer)

          ง. เชื่อม นิวเคลียสให้ติดกับไซโตพลาสซึ่มของโอโอไซต์ (oocyte-nuclear fusion)

          จ. การเลี้ยงนำตัวอ่อน (embryo culture)

          ฉ. การย้ายฝากตัวอ่อน (embryo transfer)
       แม้ว่าการโคลนสัตว์นั้นจะยากกว่าการโคลนพืชมาก แต่นักวิทยาศาสตร์ก็สามารถโคลนสัตว์ได้สำเร็จ เช่นการโคลนแกะ ของ ดร.เอียน วิลมุต (Dr.Ian Wilmut) นักวิทยาศาสตร์ชาวสกอต ที่ได้สร้างแกะโคลนขึ้นมาได้สำเร็จเป็นจำนวน 9 ตัวและมีอยู่ตัวหนึ่ง คือ “ดอลลี่” ที่โด่งดังไปทั่วโลก

      ดอลลี่ เป็นสัตว์ที่เกิดจากการโคลน โดยวีธีการถ่ายทอดนิวเคลียสจากเซลล์ร่างกายอย่างแท้จริง ดอลลี่สามารถสืบพันธุ์แบบอาศัยเพศได้ตามปกติ และให้กำเนิดลูกตัวแรกที่มีชื่อว่า “บอนนี่”

      ต่อมาได้มีการพัฒนาการโคลนแกะโดยใช้ DNA พาหะที่มียีนของมนุษย์ที่สร้างโปรตีน ทำให้เลือดแข็งตัวเรียกว่า “ยีนสร้างแฟกเตอร์เก้า” โดยให้มีการผลิตโปรตีนออกมาทางน้ำนมแกะ เพื่อนำไปใช้รักษาโรคฮีโมฟีเลีย (อาการเลือดไหลไม่หยุด) แกะที่โคลนได้มีชื่อว่า “พอลลี่” และ “มอลลี่”

*differentiation เป็นกระบวนการเปลี่ยนแปลงไปสู่เซลล์ที่ทำหน้าที่เฉพาะเจาะจง ซึ่งเป็นขั้นตอนหนึ่งในการเจริญเติบโตของสิ่งมีชีวิต

ขั้นตอนการโคลนนิ่ง