นอกจากนี้สารเคมีบางประเภทเช่น กลุ่มออร์กาโนคลอรีน (Organochlorine) ซึ่งเป็นสารเคมีที่สามารถกำจัดแมลงได้กว้างขวาง แต่ก็ตกค้าง อยู่ในสภาพธรรมชาติได้นาน และไม่สลายตัวง่ายๆ ตัวอย่างเช่น ดีทีที ซึ่งถึงแม้จะมีการยกเลิกการใช้ แลจำกัดการใช้สารกับพืชบางประเภทเท่านั้น แต่ก็ยัง สามารถตรวจพบสารตกค้างของดีทีทีอยู่ในแหล่งน้ำ ลำธาร ดิน หรือแม้แต่ในสิ่งมีชีวิตอื่นๆ อีกด้วย ทั้งนี้เนื่องจากมีการถ่ายทอดไปตามลูกโซ่อาหารต่อๆ กันไปนั่นเอง นอกจากจะก่อให้เกิดปัญหาดังกล่าวแล้สว การใช้สารป้องกันกำจัดศัตรูพืชยังผลกระทบเชิงลบโดยตรงต่อผู้บริโภ คผลิตทางการเกษตร ทั้งนี้ เพราะพืชสามารถดูดซึมสารบางอย่างไว้ในเซลล์ของพืชได้ การตรวจพบสารพิษตกค้างในผลผลิตทางการเกษตรของคณะสิ่งแวดล้อมแห่งชาติในปี พ.ศ.2532 พบว่าปัญหาสารพิษตกค้างในผลผลิตการเกษตรทวีความรุนแรงมากขึ้นทุกที จากการเก็บตัวอย่าง อาหารประเภทผัก ผลไม้ เนื้อสัตว์กว่า 3000 ตัวอย่าง พบสารพิษประเภทออร์กาโนคลอรีน ออร์กาโนฟอสเฟตสูงกว่ามาตรฐานความปลอดภัยที่กำหนดโดย FAO และ WHO ถึงร้อยละ 70 ของ จำนวนตัวอย่าง แนวโน้มการตกค้างและการปนเปื้อนของสารเคมีในผลผลิตและผลิตภัณฑ์ทางการเกษตรยังคงปรากฎอยู่อย่างต่อเนื่อง จากรายงานการ ประชุมทางวิชาการกองวัตถุมีพิษการเกษตร ประจำปี 2540(ศิริพันธ์, 2540) พบการปนเปื้อนของสารเคมีในผลผลิตข้าว 78% ของตัวอย่างทั้งหมดและ 38% ในผักตระกูลกะหล่ำ ในผลไม้พบสารพิษตกค้างกลุ่มออร์กาโนฟอสเฟต 58% ของตัวอย่างทั้งหมด นอกจากนี้ยังพบว่า ผัก ผลไม้หลายชนิดมี ปริมาณสารพิษตกค้างเกินกว่าค่าสูงสุดที่ยอมรับให้มีได้โดยไม่เป็นอันตรายต่อผู้บริโภค (maximum residue limit)