กระบวนการสกัดสารจากเมล็ดสะเดาทำได้โดยใช้สารละลายอินทรีย์ชนิดที่มีขั้ว (polar solvents) เช่น น้ำหรือสารละลายแอลกอฮอล์ เช่น เอทธานอล (ethanol),เมทานอล (methanol)ฯลฯ สกัดสารออกฤทธิ์ที่มีประสิทธิภาพดี
ในการป้องกันและกำจัดแมลงศัตรูพืชที่มีชื่อว่า Azadirachtin (C36H44O16) ซึ่งเป็นสารพวก Limonoid (Tetranortriterpenoid) และสลายตัวได้ง่ายในสภาพธรรมชาติ (ขวัญชัย,2536;งามผ่อง,2536;อัญชลี,2536) ดังนั้นอุณหภูมิในการสกัดมีผลต่อ
ประสิทธิภาพในการออกฤทธิ์ของสารสกัดที่ได้จากขบวนการผลิตซึ่งจะละลายอยู่ในสารละลายในสภาพสารแขวนลอย
เนื่องจากสารที่ได้จากการสกัดในขั้นตอนที่ผ่านมายังมีส่วนของน้ำมันสะเดาผสมอยู่เป็นปริมาณมากซึ่งอาจมีผลทำให้เกิดอาการเป็นพิษต่อพืชปลูก
(phytotoxicity) ดังนั้นโดยทั่วไปจึงนิยมนำเอาเมล็ดสะเดามาอัดบีบน้ำมันออกก่อนนำไปสกัด
นอกจากนี้สารสกัดที่ได้จากขั้นตอนสกัดขั้นตอนเดียวดังที่ได้กล่าวมาแล้วมีส่วนผสมของตัวทำละลายอินทรีย์อยู่มาก
ดังนั้นจึงต้องระเหยเอาส่วนตัวทำละลายอินทรีย์ออกจากสารสกัดโดยลดปริมาตรของตัวละลายอินทรีย์ให้อยู่ที่ระดับคงที่ระดับหนึ่งโดยการใช้
ขบวนการระเหย หลักการระเหยสารสกัดมีพื้นฐานเดียวกับการควบแน่นโดยทั่วไปที่ใช้น้ำร้อนเป็นตัวนำถ่ายเทความร้อนผ่านผนังหม้อระเหยไปสู่ตัวทำละลายของสารละลายภายในถังระเหย
และเปลี่ยนสถานะของสารละลายให้เป็นไอไอของสารละลายอินทรีย์ที่ระเหยออกไปนั้นจะมีระบบทำความเย็นทำให้ตัวทำละลายอินทรีย์ควบแน่นกลับกลายเป็นของเหลวซึ่งสามารถกำจัดออกจากระบบหรือสามารถนำกลับมาใช้ในขบวนการผลิตครั้งต่อไป
สารละลายภายในถังที่ต้องการระเหยก็จะมีความเข้มข้นสูงขึ้นเรื่อย
ๆ จนได้ความเข้มข้นของสารสกัดตามต้องการ
ขั้นตอนการผลิตดังแสดงในรูปที่ 1 นอกจากนี้ควรผสมปรุงแต่งสารสกัดเพื่อป้องกันไม่ให้สารออกฤทธิ์เสื่อมสลายง่าย
ตลอดจนผสมสารที่มีฤทธิ์ในการเพิ่มประสิทธิภาพ
และยืดอายุในการเก็บรักษาสารสกัดสะเดาก่อนนำสารสกัดสะเดาไปเก็บรักษาไว้ก่อนการบรรจุหรือบรรจุเพื่อการจำหน่ายต่อไป
อย่างไรก็ตามสารสกัดที่ได้จากระบบการผลิตแบบขั้นตอนเดียว
(single stage) มีสารชนิดต่างๆ
เช่น คาร์โบไฮ-เดรท ไขมัน โปรตีน ฯลฯ
ซึ่งเป็นสารไม่พึงประสงค์ผสมอยู่มากและมีผลทำให้ประสิทธิภาพของสารสกัดไม่สม่ำเสมอและยากแก่การตรวจวิเคราะห์เชิงคุณภาพและปริมาณ
เมื่อเปรียบเทียบกับระบบการผลิตแบบหลายขั้นตอน
(multiple stage) ดังนั้นการพัฒนาขบวนการสกัดหรือขั้นตอนการสกัดสารเพื่อให้สามารถสกัดสารได้ตามหลักและแนวคิดที่ได้ตั้งเป้าหมายไว้เป็นสิ่งที่ต้องรีบดำเนินการแก้ไขปัญหาและข้อบกพร่องต่าง
ๆ เพื่อให้สามารถใช้เป็นต้นแบบในการดำเนินการผลิตสารสกัดสะเดาในขั้นต่อไปได้
นอกจากนี้ยังสามารถปรับปรุงขั้นตอนการผลิตโดยเพิ่มขั้นตอนการสกัดน้ำมันสะเดาด้วยเฮกเซนหลังจากการสกัดสารด้วยเมทานอลซึ่งการเพิ่มขั้นตอนนี้จะเป็นการเพิ่มต้นทุนในการดำเนินการผลิตแต่จะสามารถลดปริมาณน้ำมันออกจากสารสกัดได้
